১৯৫৮ সালে জেনারেল আইয়ুব খান ক্ষমতায় আসেন জেনারেল ইস্কান্দার মির্জাকে শিখণ্ডি বানিয়ে তার ঘাড়ে চড়ে। ক্ষমতায় এসে তিনি ইসলামকে হাতিয়ার হিসেবে ব্যবহার করে ক্ষমতা পাকাপোক্ত করার চেষ্টা করেন। তবে আইয়ুব জামায়াত সম্পর্কে ছিলেন সচেতন। অন্যন্য ধর্মীয় রাজনৈতিক দল থেকেও তিনি দূরত্ব বজায় রাখতেন। জামায়াতের শীর্ষ নেতা মওদুদীকে লাহোরে কাদিয়ানি বিরোধী দাঙ্গা ও হত্যাযজ্ঞ চালানোর অভিযোগে ফাঁসির দণ্ডে দণ্ডিত করা হয় তার আমলে।  কিন্তু দেশি-বিদেশি চাপে আইয়ুব তা কার্যকর করতে পারেননি।