মূল শিক্ষাব্যবস্থার সঙ্গে সমন্বয় করতে কওমি মাদ্রাসা শিক্ষা কাঠামো আরও যুগোপযোগী করতে হবে বলে মনে করেন বিশেষজ্ঞরা। পাশাপাশি সরকারিভাবে শিক্ষার সর্বোচ্চ মান দেওয়া হলে, কওমি মাদ্রাসায় রাষ্ট্রীয় সব আচার ও সংস্কৃতি মেনে চলার কথাও জানান তারা। তবে পাঠ্যক্রম আরও আধুনিক করে কওমির সব স্তরকে পর্যায়ক্রমে স্বীকৃতির আওতায় আনার কথা বলেন কওমি মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ড। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি বিভাগের শিক্ষক সিদ্দিকুর রহমান বলেন, কওমি শিক্ষার্থীরা কর্ম জীবনে প্রতিযোগিতা করতে গিয়ে পারবে না। তখন তাদের জন্য সংকট তৈরি হবে। প্রগতিশীল যুগের যে চ্যালেঞ্চগুলো আছে সেগুলো ফেইস করার যোগ্যতা থাকবে না। বর্তমানের সিলেবাসকে ব্যাপক পরিবর্তন করতে হবে। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের আন্তর্জাতিক বিভাগের শিক্ষক রুহুল আমিন বলেন, স্বীকৃতি যেহেতু হয়েছে সুতরাং এই বিষয়গুলোকেও ভাবতে হবে। উদ্যোগটি ভালো। তবে তা কার্যকর করার জন্য আরও অনেক কিছু করতে হবে। তাড়াহুড়া করার সুযোগ নেই। কওমি মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ডের যুগ্ম মহাসচিব মাওলানা মাহফুজুল হক বলেন, মাদ্রাসার পাঠ্যক্রম পর্যায়ক্রমে মূল শিক্ষাব্যবস্থার সঙ্গে সমন্বয় করা হবে। এই পর্যন্ত বাংলা, অঙ্ক, ইংরেজি, সমাজ, ভুগোল, ইতিহাসের মতো বিষয়গুলো ক্লাস টেন পর্যন্ত পড়ানো হচ্ছে। প্রয়োজনে আরও আলাপ আলোচনার মাধ্যমে প্রয়োজনীয় সাবজেক্ট অন্তর্ভুক্ত করতে বিবেচনা করা হবে।

উল্লেখ্য, সরকারি পাঠ্যক্রম কিংবা স্বীকৃতি ছাড়াই দেশে ১৯০১ সাল থেকে পরিচালিত হয়ে আসছে ইসলামী ধর্মীয় শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান-কওমি মাদ্রাসা। বর্তমানে সারা দেশে প্রায় ১৫ হাজার কওমি মাদ্রাসায় শিক্ষার্থীর সংখ্যাও প্রায় ৫০ লাখ।

কওমি মাদ্রাসার শিক্ষাব্যবস্থা যুগোপযোগী করা না গেলে বিশৃঙ্খল পরিস্থিতি থেকে যাবে বলেও মনে করেন তারা।