প্রাকৃতিক বিপর্যয়, প্রতিকূল পরিবেশ, অপরিকল্পিত সড়ক-মহাসড়ক, বাঁধ, ক্রসবাঁধ, কালভার্ট, স্লুইস  গেট, উৎসমুখ ভরাট ও দখল-দূষণসহ বিভিন্ন স্থাপনা নির্মাণের কারণে ক্রমশ হারিয়ে যাচ্ছে সিরাজগঞ্জের নদ-নদী। সিরাজগঞ্জের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত ছোট-বড় ৪০টি নদী ছিল জেলার প্রাণ। কালের বিবর্তনে ২৪টি নদ-নদীর অস্তিত্ব বিলীন হয়ে গেছে। বাকি ১৬টির মধ্যে করতোয়া, ইছামতী, গুমানী, গোমতী, আত্রাই, ভদ্রাবতী, গোহালা, বড়াল, নন্দকুজা, গাড়াদহ, কাঁকন-কানেশ্বরী, সরস্বতী, বাঙ্গাল, মুক্তাহার, ঝবঝবিয়া ও ফুলজোড় মৃতপ্রায়। অন্যদিকে জেলার পূর্ব দিক দিয়ে প্রবাহিত যমুনা নদীর বুকে বিশাল বিশাল চর জেগে ওঠায় নদীটি তার ঐতিহ্য হারাতে বসেছে। ক্রমশ নদীটি পশ্চিম তীরে অবস্থিত সিরাজগঞ্জ ও পূর্ব তীরে অবস্থিত টাঙ্গাইলের ভূঞাপুর-তারাকান্দি-চৌহালী উপজেলার দিকে ঢুকে পড়ছে। বর্ষা মৌসুমের করালগ্রাসী ভয়ংকর রূপ ধারণকারী যমুনা বর্তমানে নাব্যতা হারিয়ে মরা খালে পরিণত হয়েছে। শুষ্ক মৌসুমের শুরুতেই যমুনার বুকে কচ্ছপের পিঠের মতো অসংখ্য ছোট-বড় চর জেগে উঠেছে। চরের ফাঁকে ছোট চ্যানেলগুলো মানুষ হেঁটে পার হচ্ছে। চরাঞ্চলবাসীর জন্য একদিকে যেমন সুখের বার্তা বয়ে নিয়ে এসেছে যমুনা, তেমনি জেলেদের জন্য নিয়ে এসেছে চরম দুঃখের বার্তা।

যমুনার শাখানদীতে নৌকা না চলায় মাঝি-মাল্লারা হাহুতাশ করছেন। গত কয়েক বছরে পরিস্থিতির আরও অবনতি হয়েছে। ফলে নদীটির দেশীয় প্রজাতির প্রায় ৫০ প্রজাতির মাছের অধিকাংশেরই বিলুপ্তি ঘটেছে। এ ছাড়া বিলুপ্তির পথে রয়েছে কই, শিং, মাগুর, কাকিলা, শোল, বোয়াল, চিতল, মোয়া, বাতাসি, টেংরা, গুলশা, নন্দই, পুঁটি, সরপুঁটি, খলিশা, চেলা, ডানকানা, টাকি, বাউস, কালিবাউস, চ্যাকা, বাইন, বউমাছ ইত্যাদি। বিলুপ্ত হয়ে যাচ্ছে গোরপুইয়া, কুচিয়া, কচ্ছপ, কাছিম ও কাঁকড়া।