দৈনিক বাংলাদেশ প্রতিদিন পত্রিকায় গত ১৬ জুলাই প্রকাশিত ‘হেফাজতের নতুন কাণ্ডারি বাবুনগরী, ব্যাপক রদবদল’ শীর্ষক সংবাদের কড়া প্রতিবাদ জানিয়েছে দারুল উলুম হাটহাজারী মাদ্রাসা কর্তৃপক্ষ। মঙ্গলবার প্রতিষ্ঠানটির প্রধান মুফতি ও শিক্ষা পরিচালক আল্লামা মুফতি নূর আহমদ প্রেরিত প্রতিবাদ লিপিতে বলা হয়, সংবাদটি দেখে দেশের আলেম সমাজ ও ছাত্র জনতা হতভম্ব, হতাশ ও চরম ক্ষুব্ধ হয়েছে। বিদ্বেষমূলক ও মিথ্যা সংবাদ আমরা কখনোই প্রত্যাশা করি না। আমরা সংশ্লিষ্ট সংবাদটির তীব্র নিন্দা ও প্রতিবাদ করছি। প্রতিবাদে মুফতি নূর আহমদ বলেন, জুনায়েদ বাবুনগরী মহান স্বাধীনতা যুদ্ধের সময় দারুল উলুম হাটহাজারী মাদ্রাসার একজন নিয়মিত ছাত্র ছিলেন। তখন তিনি কোনো ধরনের রাজনীতির সঙ্গে সম্পৃক্ত ছিলেন না। জঙ্গি সংগঠন হরকাতুল জিহাদ আল ইসলামী বাংলাদেশের মুখপত্র মাসিক ‘জাগো মুজাহিদ’ এবং ‘মাসিক রহমত’ পত্রিকায় নিয়মিত নিবন্ধ লেখার অভিযোগ প্রসঙ্গে বলা হয়— জুনায়েদ বাবুনগরীর বিভিন্ন জায়গায় প্রদত্ত বক্তব্য অনেকেই নোট করে বিভিন্ন পত্রিকায় প্রকাশ করে থাকেন। বাংলাদেশে ডিক্লারেশন প্রাপ্ত কোনো পত্রিকায় যদি তার কোনো বক্তব্য সংকলন প্রকাশ করে এবং সেই লেখায় যদি দেশের আইনবিরোধী কোনো বক্তব্য, পরামর্শ বা নির্দেশনা না থাকে, তবে সেটা কি অপরাধের পর্যায়ে পড়ে?  আফগান ফেরত জঙ্গি কমান্ডার মাওলানা সগীর বিন ইমদাদের লেখা ‘ফাজায়েলে জিহাদ’ গ্রন্থের ভূমিকা লেখা প্রসঙ্গে বলেন ধর্মীয় বিষয়ে যারা লেখালেখি করে থাকেন। তাদের অনেকেই নিজেদের বইয়ে অভিমত নিতে তার কাছে প্রায়ই আসেন। কোনো কোনো বইয়ে সরাসরি অভিমত দেন এবং কোনো কোনো লেখককে সাধারণ সৌজন্যতা হিসেবে শুভকামনা জানিয়ে বিদায় দেন। মৌখিক শুভ কামনাকেও অনেকে তাদের বইয়ের শুরুতে জুড়ে দেন। যেটা সবসময় তার নজরে পড়ে না। তা ছাড়া তার সঙ্গে দেখা করতে প্রতিদিনই অসংখ্য আলেম এসে থাকেন। সবাইকে তো তার পক্ষে চেনাজানা সম্ভব না।