ইসলাম প্রচারের প্রথম তিন বছর মুসলিমরা তাদের বিশ্বাস প্রকাশ্যে প্রচার শুরু করেনি। এরপর আল্লাহর তরফ থেকে মুহাম্মদ (সা.)-এর ওপর প্রকাশ্যে ইসলাম প্রচারের নির্দেশ এলে তিনি সেদিকে অগ্রসর হন। এরপর মুসলিমদের ওপর বিভিন্নভাবে নির্যাতনের ঘটনা ঘটে। আবু বকরও নিগ্রহের শিকার হয়েছিলেন।

৬২২ খ্রিস্টাব্দে মুসলিমরা মদিনায় হিজরত করতে শুরু করে। কয়েকটি দলে এই হিজরত হয়। মুহাম্মদ (সা.) ও আবু বকর একই সঙ্গে হিজরত করেন। মুহাম্মদ (সা.) তার কাছে গচ্ছিত মক্কাবাসীর সম্পদ ফিরিয়ে দেওয়ার জন্য আলী ইবনে আবি তালিবকে দায়িত্ব দিয়ে যান। হামলার আশঙ্কায় তারা মদিনামুখী উত্তরের পথ না ধরে দক্ষিণমুখী ইয়েমেনগামী পথ ধরে অগ্রসর হন এবং পাঁচ মাইল দূরে সাওর পর্বতের গুহায় আশ্রয় নেন। আবু বকরের ছেলে আবদুল্লাহ ইবনে আবি বকর এ সময় তাদের সঙ্গে রাতে থাকতেন এবং ভোরের আগে মক্কায় ফিরে আসতেন যাতে অন্যদের মনে সন্দেহ সৃষ্টি না হয়। এ ছাড়াও আবু বকরের এক দাস আমির বিন ফুহাইরাহ পর্বত পর্যন্ত ছাগল চরাতেন যাতে আবদুল্লাহ ইবনে আবু বকরের চলাচলের চিহ্ন মুছে যায়। এ ছাড়াও তিনি তাদের ছাগলের দুধ পান করাতেন। আবু বকরের মেয়ে আসমা বিনতে আবি বকর তাদের খাবার নেওয়ার কাজ করতেন।

এ বিষয়ে কোরআনে উল্লেখ রয়েছে, যদি তোমরা তাকে সাহায্য না কর, (তবে স্মরণ কর) আল্লাহ তাকে সাহায্য করেছিলেন যখন অবিশ্বাসীরা তাকে তাড়িয়ে দিয়েছিল। সে ছিল দুজনের একজন। যখন তারা গুহার মধ্যে ছিল, সে তখন তার সঙ্গীকে বলেছিল, মন খারাপ কর না, আল্লাহ তো আমাদের সঙ্গেই আছেন। তারপর আল্লাহ তার ওপর প্রশান্তি বর্ষণ করলেন। (সূরা তওবা, আয়াত ৪০)

এই আয়াতে দুজনের একজন দ্বারা আবু বকরকে বোঝানো হয়েছে। গুহায় তিন দিন ও তিন রাত অতিবাহিত করার পর তারা দুজন মদিনার দিকে অগ্রসর হন। তারা মদিনার শহরতলি কুবায় পৌঁছে সেখানে কিছু সময় অতিবাহিত করেন। এরপর তারা মদিনায় পৌঁছেন।

মুহাম্মদ (সা.) মদিনায় একটি মসজিদ নির্মাণের পরিকল্পনা করেন। এরপর মসজিদে নববী নির্মাণ করা হয়। আবু বকর এর নির্মাণকাজে অংশ নিয়েছিলেন। মুহাম্মদ (সা.) অন্য সাহাবিদের ন্যায় আবু বকরের সঙ্গে খারিজাহ বিন জাইদ আনসারিকে ভ্রাতৃত্বের বন্ধনে আবদ্ধ করেছিলেন।

খারিজাহ বিন জাইদ মদিনার শহরতলি সুনহে থাকতেন। আবু বকরও সেখানে বসতি স্থাপন করেন। আবু বকরের পরিবার মদিনায় চলে আসার পর তিনি মুহাম্মদ (সা.)-এর কাছে একটি বাড়ি কেনেন। মক্কার তুলনায় মদিনার জলবায়ু ছিল আর্দ্র। ফলে মুহাজির মুসলিমদের অনেকে নতুন পরিবেশে অসুস্থ হয়ে পড়েন। আবু বকরও অসুস্থতায় আক্রান্ত হন এবং বেশ কয়েক দিন পর্যন্ত অসুস্থ ছিলেন। এ সময় খারিজা ও তার পরিবার তার সেবা করেন। মক্কায় আবু বকর একজন কাপড় ব্যবসায়ী ছিলেন। তিনি মদিনায়ও একই ব্যবসা শুরু করেন।  মদিনায় দ্রুত তার ব্যবসা সমৃদ্ধি লাভ করে। শাকিল জাহান।