রাজধানী সোনারগাঁ ছিল দেয়াল-বেষ্টিত অত্যন্ত সুরক্ষিত নগরী। ঢাকা থেকে ৪০ কিলোমিটার দক্ষিণ-পশ্চিমে পদ্মা-ধলেশ্বরী-ইছামতী নদীর সঙ্গমস্থলে যাত্রাপুরে ছিল মুসা খানের অন্য একটি দুর্গ ও সামরিক ঘাঁটি। সামরিক দিক দিয়ে এই যাত্রাপুরের অবস্থান ছিল খুবই গুরুত্বপূর্ণ। যাত্রাপুর হয়েই ইছামতী নদীপথে ছিল ঢাকা থেকে মুঘল সুবাহ বাংলার তখনকার রাজধানী রাজমহল পর্যন্ত বিস্তৃত সচরাচর ব্যবহৃত জলপথ। মুসা খানের শাসনের প্রথম কয়েক বছর তাঁর রাজ্য মুঘল আক্রমণ থেকে কতকটা নিরাপদ ছিল। মুসা খান যদিও ১৬০২ খ্রিস্টাব্দ থেকে কুতলু খানের মন্ত্রীর পুত্র ও আফগান দলপতি দাউদের সঙ্গে রাজনৈতিক সখ্যের কারণে বিদ্রোহী আফগানদের সহায়তা করে আসছিলেন এবং অন্যান্য আফগান দলপতিদের মুঘলের বিরুদ্ধে যুদ্ধে সাহায্য করছিলেন, তাঁকে মুঘলের বিরুদ্ধে সরাসরি কোনো যুদ্ধে অবতীর্ণ হতে দেখা যায়নি। বস্তুত ১৬০৮ খ্রিস্টাব্দের আগে মুসা খান মুঘল আগ্রাসনের বিরুদ্ধে তাঁর অব্যাহত যুদ্ধে অবতীর্ণ হননি।