মৃত্যুর দিনে মিসরের ক্ষমতাচ্যুত প্রেসিডেন্ট মোহাম্মদ মুরসি আদালত কক্ষে ২০ মিনিট অজ্ঞান অবস্থায় পড়েছিলেন বলে অভিযোগ তুলেছে তার পরিবার ও বন্ধুরা। তারা ব্রিটিশ সংবাদমাধ্যম দ্য ইন্ডিপেনডেন্টের কাছে দাবি করেছেন। সে সময় মিসরের ইতিহাসে প্রথমবারের মতো গণতান্ত্রিকভাবে নির্বাচিত প্রেসিডেন্টকে প্রাথমিক চিকিৎসাও দেওয়া হয়নি। অ্যাটর্নি জেনারেল এই অভিযোগ প্রত্যাখ্যান করেছেন। সেনাবাহিনী কর্তৃক ক্ষমতাচ্যুত হওয়ার পর থেকেই মিসরীয় কারাগারে বন্দী ছিলেন মুরসি। গত ৭ মে তিনি আদালতে নিজের জীবন নিয়ে শঙ্কা প্রকাশ করেছিলেন। বলেছিলেন, তার জীবন হুমকির মুখে। ১৭ জুন রাষ্ট্রীয় টেলিভিশনের খবরে বলা হয়, ‘আদালতের এজলাসে হঠাৎ পড়ে গিয়ে মুরসির মৃত্যু হয়েছে’। মুরসির পরিবারের পক্ষ থেকে অভিযোগ করা হয়েছে, এজলাসের খাঁচায় বিনা চিকিৎসায় তাকে হত্যা করা হয়েছে।

মৃত্যুর পর মুরসির দাফনেও বাধা দেওয়া হয়। পরিবারের পক্ষ  থেকে সারকিয়া প্রদেশের নিজ শহরে দাফনের আবেদন জানালে তা নাকচ করে দেয় কর্তৃপক্ষ। সরকারের সিদ্ধান্ত অনুযায়ী, মঙ্গলবার ভোরে কঠোর গোপনীয়তায় রাজধানী কায়রোর নসর এলাকায় তাকে দাফন করা হয়।