নেপাল ফুটবল দলের অধিনায়ক থাকা অবস্থায় গণেশ থাপা ঢাকা প্রথম বিভাগ লিগে মোহামেডানের হয়ে খেলেছেন বেশ কয়েক বছর। ১৯৮৬ সালে চ্যাম্পিয়ন দলের সদস্যও ছিলেন তিনি।
নেপাল ফুটবল দলের অধিনায়ক থাকা অবস্থায় গণেশ থাপা ঢাকা প্রথম বিভাগ লিগে মোহামেডানের হয়ে খেলেছেন বেশ কয়েক বছর। ১৯৮৬ সালে চ্যাম্পিয়ন দলের সদস্যও ছিলেন তিনি।