বান্দরবানে জামায়াতে ইসলামীর প্রকাশ্য কোনো রাজনীতি নেই। তবে গোপনে সাংগঠনিক কর্মকান্ড চালাচ্ছে দলটি। দলের কতিপয় নেতা রাতারাতি আওয়ামী লীগ বনে সব সুযোগ-সুবিধা নিচ্ছে এমন অভিযোগও রয়েছে। এদিকে আওয়ামী লীগের সঙ্গে দ্বন্দ্বে জড়িয়ে বান্দরবানে অস্তিত্ব সংকটে আঞ্চলিক রাজনৈতিক দল জেএসএস। আওয়ামী লীগ নেতাদের অভিযোগ, জেএসএসের সশস্ত্র ক্যাডাররা বান্দরবানে হত্যার রাজনীতি চালাচ্ছে। কয়েকটি হত্যা মামলায় বান্দরবানের জেএসএসের প্রায় নেতা জেলে। ফলে নেতৃত্বশূন্য হয়ে পড়েছে সংগঠনটি।