কাজী মোতাহার হোসেনের জন্ম ৩০ জুলাই, ১৮৯৭ কুষ্টিয়ায় মামারবাড়িতে। পিতা কাজী গওহরউদ্দীন আহমদ, মা তাসিরুন্নেসা। ১৯১৯ সালে ঢাকা কলেজ থেকে পদার্থবিজ্ঞানে অনার্স ও ১৯২১ সালে কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীনে ঢাকা কলেজ থেকে পদার্থবিজ্ঞানে এমএসসি পাস করেন। ১৯৩৮ সালে ইন্ডিয়ান স্ট্যাটিস্টিক্যাল ইনস্টিটিউট থেকে পরিসংখ্যানে ডিপ্লোমা ডিগ্রি লাভ করেন। পরে পরিসংখ্যানে পিএইচডি করেন। ১৯২১ সালে ঢাকা কলেজে ছাত্র থাকাকালীন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের পদার্থবিজ্ঞান বিভাগের ডেমনেস্ট্রেটর হিসেবে চাকরি শুরু করেন এবং একই বিভাগে ১৯২৩ সালে সহকারী প্রভাষক হিসেবে নিয়োগ পান। তিনি নিজ উদ্যোগে ১৯৪৮ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে পরিসংখ্যানে এম এ কোর্স চালু করেন এবং তিনি এই নতুন বিভাগে যোগ দেন। তিনি গণিত বিভাগেও ১৯৪৯ থেকে ১৯৫৯ সাল পর্যন্ত শিক্ষকতা করেন। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় পরিসংখ্যান বিভাগ থেকে ১৯৬১ সালে অবসর নেন। বাংলাকে রাষ্ট্রভাষা করার পক্ষে বিভিন্ন কর্মকাণ্ডের মাধ্যমে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেন। শিক্ষার সর্বস্তরে বাংলা ভাষা চালুর দাবিতে পঞ্চাশ ও ষাটের দশকে পূর্ব বাংলায় যে আন্দোলন গড়ে উঠেছিল তিনি ছিলেন তার একজন পৃষ্ঠপোষক। ১৯৬১ সালে প্রতিক্রিয়াশীল বুদ্ধিজীবীদের বিরোধিতার মুখে ঢাকায় রবীন্দ্র-জন্মশতবার্ষিকী পালনে সাহসী ভূমিকা পালন করেন তিনি। ১৯৫৭ সালে মওলানা ভাসানী আয়োজিত কাগমারী সাংস্কৃতিক সম্মেলনে সভাপতি হন। ব্যক্তিগত জীবনে কাজী নজরুল ইসলামের অন্তরঙ্গ বন্ধু ছিলেন। নজরুল তার মোতাহার নামকে আদর করে ‘মোতিহার’ ডাকতেন। ১৯২৬ সালে কাজী আবদুল ওদুদ, সৈয়দ আবুল হোসেন ও আবুল ফজলের সঙ্গে তিনি মুসলিম সাহিত্য সমাজ" গড়ে তোলেন। এই সংগঠনের পক্ষ থেকে তিনি কিছুকাল ‘শিখা’ নামক পত্রিকা সম্পাদনা করেন। কাজী মোতাহার হোসেন বিজ্ঞান, সাহিত্য, সংস্কৃতির ওপর অনেক বই ও প্রবন্ধ লিখেছেন। তার লেখা বইগুলোর মধ্যে সঞ্চায়ন (১৯৩৭ প্রবন্ধ সংকলন), নজরুল কাব্য পরিচিতি (১৯৫৫), সেই পথ লক্ষ্য করে (১৯৫৮), সিম্পোজিয়াম (১৯৬৫), গণিত শাস্ত্রের ইতিহাস (১৯৭০), আলোক বিজ্ঞান (১৯৭৪), নির্বাচিত প্রবন্ধ (১৯৭৬), প্লেটোর সিম্পোজিয়াম (অনুবাদ ১৯৬৫) অন্যতম। ১৯৬০ সালে পাকিস্তান সরকার অধ্যাপক কাজী মোতাহার হোসেনকে সিতারা-ই-ইমতিয়াজ উপাধিতে ভূষিত করে। ১৯৬৬ সালে প্রবন্ধসাহিত্যের জন্য বাংলা একাডেমি পুরস্কার এবং ১৯৭৯ সালে বিজ্ঞান ও প্রযুক্তিতে অবদানের জন্য স্বাধীনতা পুরস্কার লাভ করেন। ১৯৭৪ সালে বিজ্ঞান ও কলা বিষয়ে অবদানের জন্য ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃপক্ষ তাকে ডিএসসি ডিগ্রি দ্বারা সম্মানিত করে। ১৯৭৫ সালে বাংলাদেশ সরকার তাকে জাতীয় অধ্যাপক হিসেবে সম্মানিত করে। কাজী মোতাহার হোসেন ভবন নামে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের সায়েন্স অ্যানেক্স ভবনের নতুন নামকরণ করা হয়। তিনি আন্তর্জাতিক খ্যাতিসম্পন্ন দাবাড়–। ৯ অক্টোবর, ১৯৮১ সালে তিনি ঢাকায় মৃত্যুবরণ করেন।