একাত্তরে হত্যা, গণহত্যা, ধর্ষণ ও অগ্নিসংযোগসহ মানবতাবিরোধী অপরাধের বিভিন্ন অভিযোগ আনা হয় কাদের মোল্লার বিরুদ্ধে। এর আগে ২০১২ সালের ২২ মার্চ গঠন করা হয় আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২। ২০০৭ সালের ১৭ ডিসেম্বর কাদের মোল্লাসহ কয়েকজনের বিরুদ্ধে রাজধানীর কেরানীগঞ্জ থানায় একটি মামলা করেন মোজাফফর আহমেদ খান। একাত্তরে মুক্তিযোদ্ধা গোলাম মোস্তফাকে হত্যার অভিযোগ আনা হয় এতে। মোজাফফরই ট্রাইব্যুনালে কাদের মোল্লার বিরুদ্ধে মামলায় প্রসিকিউশনের প্রথম সাক্ষী। ২০০৮ সালে পল্লবী থানায় কাদের মোল্লাসহ কয়েকজনের বিরুদ্ধে আরও মামলা হয় একটি। ওই মামলার অভিযোগে ২০১০ সালের ১৩ জুলাই গ্রেফতার হন তিনি। ওই বছরের ২ আগস্ট মানবতাবিরোধী অপরাধের অভিযোগে আটক দেখানো হয় তাকে। অভিযোগের তদন্ত শুরু হয় ২০১০ সালের ২১ জুলাই। পরের বছর ১ নভেম্বর দাখিল করা হয় তদন্ত প্রতিবেদন। এতে প্রসিকিউশনের আনুষ্ঠানিক অভিযোগ ২৮ ডিসেম্বর আমলে নেন ট্রাইব্যুনাল-১। প্রসিকিউশনের উদ্বোধনী বক্তব্য গ্রহণ করা হয় গত বছরের ২০ জুন। ওই বছরের ৩ জুলাই থেকে শুরু হয়ে ৪ নভেম্বর পর্যন্ত মোট ১২ জনের সাক্ষ্যগ্রহণ করা হয় কাদের মোল্লার বিরুদ্ধে। পরবর্তীতে ৫ ফেব্রুয়ারি পর্যন্ত মামলাটি অপেক্ষমাণ ছিল রায়ের জন্য। এদিন রায়ে কাদের মোল্লাকে যাবজ্জীবন দণ্ড দেন ট্রাইব্যুনাল। কিন্তু এর পরপরই এ রায়ের বিপক্ষে গণদাবিতে ফেটে পড়ে রাজপথে। শাহবাগের গণজাগরণে মঞ্চে লাখো মানুষের সমাবেশ ঘটে। কাদের মোল্লার ফাঁসির দাবিতে স্লোগানমুখর হয়ে ওঠে শাহবাগসহ পুরো দেশ। এরপর সাজা বাড়াতে সরকার আপিল করে ৩ মার্চ। ২৯ এপ্রিল থেকে ৬ জুন এবং ২৩ জুলাই পর্যন্ত ১৯ কার্যদিবসে আসামি পক্ষে শুনানি করেন কাদের মোল্লার আইনজীবী ব্যারিস্টার আবদুর রাজ্জাক। এ মামলার আপিল শুনানি শুরু হয় ১ এপ্রিল। পরে একজন বিচারপতি অবসরে চলে যাওয়ায় শুনানি গ্রহণ করেন প্রধান বিচারপতি মো. মোজাম্মেল হোসেনের নেতৃত্বে আপিল বিভাগের পাঁচ সদস্যের বেঞ্চ। আপিল বিভাগ মৃত্যুদণ্ডের আদেশ দেন ১৭ সেপ্টেম্বর। ৫ ডিসেম্বর বিচারপতিদের স্বাক্ষরের পর কাদের মোল্লার ফাঁসির রায়ের পূর্ণাঙ্গ কপি প্রকাশ করে সুপ্রিমকোর্টের সংশ্লিষ্ট শাখা। ৮ ডিসেম্বর ট্রাইব্যুনাল মৃত্যুপরোয়ানা পাঠান কারাগারে। ১০ ডিসেম্বর মধ্যরাতে দণ্ড কার্যকরের কথা জানানো হলেও চেম্বার বিচারপতির আদেশে তা স্থগিত হয় ১১ ডিসেম্বর সকাল সাড়ে ১০টা পর্যন্ত। আসামি পক্ষের রিভিউ আবেদনের উপরে শুনানি শেষে আপিল বিভাগ তা খারিজ করেন ১২ ডিসেম্বর। এরপর ১২ ডিসেম্বর রাতেই ফাঁসির রায় কার্যকর করে কারা কর্তৃপক্ষ।