জাপানে আনা ফ্রাঙ্কের ডায়েরির প্রায় ১০০টি কপি পুরোপুরি ধ্বংস করে ফেলা হয়েছে। এ ছাড়া ডায়েরিটির আরও অন্তত ২৬৫টি কপি এবং সংশ্লিষ্ট বইগুলো থেকে অনেক পৃষ্ঠা ছিঁড়ে ফেলা হয়েছে। দেশটির রাজধানী টোকিও'র কয়েকটি গ্রন্থাগার থেকে ডায়েরিগুলো নেওয়া হয়। তবে এই ঘটনার সঙ্গে জড়িতদের পরিচয় জানা যায়নি।
জাপানিরা মূলত আনা ফ্র্যাঙ্কের ডায়েরি থেকেই দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধের সময় ইহুদি নিধনযজ্ঞের ইতিহাস জানতে পারেন। কিন্তু এটি ধ্বংসের পেছনে কী উদ্দেশ্য থাকতে পারে তা এখনও রহস্যময় রয়েছে। কারণ জাপানে ইহুদিদের কোন আবাস নেই এবং সেখানে ইহুদি বিদ্বেষের ঘটনাও নেই।
১৯৫২ সালে বইটি জাপানি ভাষায় প্রথম অনুদিত হয়। ১৯৫৩ সালে এটি জাপানের সর্বোচ্চ বিক্রিত বইয়ের তালিকায় স্থান পায়। যুক্তরাষ্ট্রের পরে জাপানেই বইটি সবচেয়ে বেশি বিক্রি হয়।
