১৪৯৪ সালে মাত্র ১২ বছর বয়সে বাবর প্রথম ক্ষমতা লাভ করেন, তিনি ফরগানার সিংহাসনে আরোহণ করেন যা বর্তমানে উজবেকিসত্মান নামে পরিচিত। তার চাচা অনবরত তাকে সিংহাসনচ্যুত করার চেষ্টা করেছিলেন এবং তার অন্যান্য শত্রুও ছিল। এক সময় তার চাচা বাবরকে ক্ষমতাচ্যুত করতে সফল হয়। ফলে জীবনের বেশকিছু সময় তাকে আশ্রয়হীন এবং যাযাবর থাকতে হয়। এ সময় তার সঙ্গে শুধু তার বন্ধু ও চাষিদের যোগাযোগ ছিল। ১৪৯৭ সালে বাবর সমরকন্দের উজবেক শহরে আক্রমণ চালান এবং সাত মাস পরে শহর দখল করতে সমর্থ হন। ইতিমধ্যে প্রায় ৩৫০ কিলোমিটার দূরের ফরগানায় কিছু লোকের বিদ্রোহের কারণে তাকে স্থানটি হারাতে হয়। ফরগানা পুনরুদ্ধারের জন্য অগ্রসর হলে তার বাহিনীর লোকজন তাকে ফেলে চলে যায়। ফলে তাকে সমরকন্দ ও ফরগানা উভয়ই হারাতে হয়।

১৫০১ সালে বাবর আবার সমরকন্দের দখল নিতে প্রস্তুতি নেন, তবে আবারও পরাক্রমশালী প্রতিপক্ষ মোহাম্মদ শেবানি খানের কাছে পরাজিত হন। তিনি তার কিছু অনুসারী নিয়ে পালিয়ে আসতে সমর্থ হন। পরবর্তীতে বাবর একটি শক্তিশালী দল গঠনে মনযোগী হন এবং প্রধানত তাজিক ও বাদাকশানদের তার দলে অন্তর্ভুক্ত করেন। ১৫০৪ সালে তুষার সমৃদ্ধ অঞ্চল হিন্দুকুশ পর্বত অতিক্রম করেন এবং কাবুল দখল করেন। এর ফলে তিনি একটি নতুন সমৃদ্ধ রাজ্য লাভ করেন এবং নিজের ভাগ্য পুনঃপ্রতিষ্ঠিত করেন এবং বাদশাহ উপাধি গ্রহণ করেন। ১৫০৬ সালে হুসাইন বায়কারাহর মৃত্যু তার অভিযানকে বিলম্বিত করে। বাবর তার মিত্রপক্ষের শহর হেরাতে দুই মাসের জন্য অবস্থান করে সম্পদের অভাবে এলাকা ছেড়ে দিতে বাধ্য হন। এর মধ্যেও তিনি এই রাজ্যকে প্রাচুর্যম-িত করেছেন। হেরাতের শিক্ষিত ও বুদ্ধিজীবী সম্প্রদায়ের আধিক্য তাকে চমত্কৃত করে। তিনি অহিগুরের কবি মীর আলিশির নাভাইয়ের সঙ্গে পরিচিত হন। নাভাই তার সাহিত্যে চাঘাতাই ভাষার ব্যবহার করতেন, তিনি বাবরকে তার আত্মজীবনী লিখতে উৎসাহিত করেন। ঘনিয়ে আসা একটি বিদ্রোহ তাকে হেরাত থেকে কাবুল আসতে বাধ্য করে। তিনি এই পরিস্থিতি সামলে ওঠেন, তবে দুই বছর পর একটি বিপস্নব সংঘটিত হওয়ার পর তার কিছু শীর্ষস্থানীয় নেতা তাকে কাবুল থেকে তাড়িয়ে দেন। বাবর কিছু সঙ্গীসহ শহর থেকে পালিয়ে গেলেও পুনরায় শহরে ফিরে এসে কাবুল দখল করেন।